1.生物菌肥肥效持續時間長。由于生物菌具有較強的生命力，一般肥效可達150-180天，一季作物只施用一次，即可滿足作物一生的生長發育的要求。

2.生物菌肥是一種活性菌，施用時必須埋于土壤中，不能撒施于地表，一般深施7-10cm。由于生物菌對作物的根系和種子不造成任何傷害，所以生物菌肥施用時應最大限度地靠近作物根系，讓其與作物根系最大限度地接觸，才能充分發揮生物菌肥的肥效。作種肥時，施于種子正下方2-3cm處;作追肥時盡量靠近根系為好;葉面噴施時，應在下午3時后進行，并噴施于葉的背面，防止紫外線殺死菌種。

3.生物菌肥與其它肥料配合施用效果好。由于生物菌肥是一種高含菌量的生物制劑，施于土壤后需要15-20天才能發揮肥效，多數生物菌需在氮元素的作用下才能復蘇，所以在施生物菌肥時要適量地配合少量的氮肥，一般每公頃施復合生物菌肥225-300kg，且根據不同情況，配合施用45-75kg尿素、75kg磷酸二銨。

如與有機肥料配合施用(一般每公頃配合施用優質有機肥30000kg)，可以加快改善土壤的理化性狀，提高土壤有機質的含量，提高生物菌的活性。

4.保持土壤適宜的溫濕度條件。生物菌肥在土壤持水量30%以上、土壤溫度在10-40℃、pH值在5.5-8.5的土壤條件下均可施用。在土壤持水量小于30%時要及時澆水，并及時中耕松土以保持土壤墑情、提高土壤溫度。

5.配制營養土。生物菌肥可以配制各種作物的營養土，一般取田園土(沒有被農藥污染過的田園土)60kg，充分發酵腐熟的人、畜、禽糞便30kg，加復合生物菌肥10kg，充分攪拌均勻即可。該營養土可用于農作物、蔬菜、瓜果、果樹等育苗、養苗等使用。